converter flv em mp4

$ ffmpeg -i nomedoarquivo.flv -c:v libx264 -crf 19 -strict experimental output.mp4

OBS: Caso queira comprimir um pouco o arquivo, após converter para mp4 use o comando abaixo

$ ffmpeg -i nomedoarquivo.mp4 -vcodec libx265 -crf 28 output.mp4