alterando os programas default do Ubuntu 16.04 xenial

os programas padrão do ubuntu podem ser alterados na lista default.list

gedit /usr/share/applications/defaults.list

adicione o programa correspondente ao que deseja

ex

inode/directory=Thunar.desktop

mais informações:
https://help.ubuntu.com/community/DefaultFileManager

Definir Thunar como padrão google chrome (Ubuntu 16.04 xenial)

O Thunar tem boa compatibilidade com o i3

para instala-lo

sudo apt-get install thunar

edite o arquivo mimeapps.list

gedit ~/.local/share/applications/mimeapps.list

adicione na lista a linha

inode/directory=Thunar.desktop

o arquivo mimeapps.list pode estar em outro local
para localizar o arquivo

updatedb
locate mimeapps.list

OBS:

caso os ícones não apareçam no Thunar instale o pack lxappearance

apt-get install lxappearance

OBS 2: em alguns casos pode ser necessário reinstalar o Thunar

sudo apt-get purge thunar

sudo apt-get install thunar