Entre no diretorio
$ cd nome_do_diretorio
e execute
$ for i in $( ls | grep [A-Z] ); do mv -i $i `echo $i | tr 'A-Z' 'a-z'`; done
ou
$ rename 'y/A-Z/a-z/' *
ou passando o caminho do diretório
$ rename 'y/A-Z/a-z/' /home/usuario/nome_do_diretorio/*
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